Tras los eventos ocurridos en la vida de Rintarou Okabe y el resto de los "Lab members", parece que los esfuerzos del autoproclamado científico loco han llegado a buen puerto y todos viven en una tranquila línea de universo. Sin embargo, Okabe pronto comienza a sufrir las consecuencias de sus actos, y esta vez todo dependerá de Kurisu Makise