Wydany tylko w Japonii, Kingdom Hearts Final Mix ma kilka imprez i szereg usprawnień rozgrywki, które nie są w poprzednich wydaniach.
Mówiony dialog jest w języku angielskim, [80] z japońskimi napisami.
Nowe sceny, wyjaśnienie niektórych punktów wydruku, takie jak podróż Riku i zapowiedź Kingdom Hearts II, zostały uwzględnione.
Opcja gry pozwala graczowi, aby pominąć cut sceny widząc je tylko raz.
Fakultatywne szefowie pierwszy uwzględniona w wersji angielskiej zostały wprowadzone do japońskich graczy po raz pierwszy, wraz z "Unknown", starając się podnieść odsetki zasequel.