Pasados dos años y medio de entrenamiento con
Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de
la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y
conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la
ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje
llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela
podremos notar como los compañeros de Naruto
han madurado con respecto a su desempeño previo,
mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante
su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a
controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo
contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó
un papel secundario, la organización Akatsuki
asume el papel antagónico principal en Naruto
Shippuden, buscando como objetivo principal el
capturar a todos los poderosos monstruos Biju.