El primer episodio de la temporada nos muestra a Michael Scofield en Sona, una diabólica y mortal prisión panameña donde un motín obligó a todas las autoridades a abandonarla y dejó a los prisioneros al cargo de sus propias vidas (y muertes). Con el destino de sus seres queridos colgando de un hilo, Michael debe encontrar a Whistler, un misterioso recluso escondido en el sistema de alcantarillado de la prisión, para lograr que le saque de una cárcel de la que no hay salida.