Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège
Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse.
Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano.
Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la
règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra
regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très
inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les
incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau
siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés
chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents
disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.

L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux
survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur
ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur
tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier
décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième
session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre
que la précédente.