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Cette série raconte le quotidien de la famille de Malcolm, qui a onze ans au début de la série. Ce garçon est doté d'un quotient intellectuel de 165.
Malcolm vit dans une famille américaine moyenne composée de Loïs, sa mère hystérique et autoritaire, de Hal, son père, immature employé de bureau n'ayant aucun sens des responsabilités, et de ses frères, Francis, Reese et Dewey. Un cinquième fils, Jamie, complétera la famille à partir de la quatrième saison.
L'humour de la série repose principalement sur la vie de famille — qui est décrite de façon assez réaliste —, les situations parfois burlesques et le second degré.