rois mois après la défaite de Syndrome dans le film précédent, la
famille Parr - Bob, Hélène, Violette, Flèche et Jack-Jack - continuent
d'opérer sous leur identité de super-héros, les Indestructibles. Le film
commence à partir des derniers moments du film précédent, lorsque les
Indestructibles ont essayé d'empêcher le Démolisseur de dépouiller la
banque de Metroville. Ce dernier échoue, et les autorités s'inquiètent
de l'ampleur des dommages causés par l'incident. En conséquence, Rick
Dicker informe la famille Parr que le programme « Super Relocation » de
son département est en train d'être fermé, forçant les supers à travers
le monde à prendre leur entière responsabilité en permanence et à
oublier leurs identités secrètes. Avant de les quitter, il les place
dans un hôtel pendant deux semaines. Bob et Hélène, ainsi que Lucius
Best - le super héros Frozone - sont contactés par Winston Deavor, un
fan de super-héros, philanthrope et magnat dans le domaine des
télécommunications et propriétaire de DEVTECH, qui leur propose un coup
de publicité pour regagner l'appui du grand public à l'égard des
super-héros.
Pour remplir cette mission, il invite Elastigirl à braver
l'interdiction d'agir en super-héros tout en filmant l'intégralité de
ses actes héroïques, la jugeant moins destructrice que Frozone ou M. Indestructible.
Dans le cadre de ce plan, Winston fournit à la famille une villa, dans
laquelle Bob prend la charge des enfants pendant l'absence d'Hélène.
Pendant ce temps, Bob découvre les pouvoirs de Jack-Jack et a tout le
mal du monde à les contrôler. En quête d'aide, Bob emmène Jack-Jack chez
Edna Mode, une amie de la famille et designer de costumes de
super-héros. Elle refuse d'abord de s'occuper de l'enfant jusqu'à ce
qu'elle assiste, émerveillée, aux super-pouvoirs du bébé. Bob essaye
également de gérer le comportement de Violette, qui vit mal que Rick
Dicker ait effacé la mémoire de son amoureux et désigne son père comme
responsable car il a informé Rick qu'il connaissait l'identité de
Violette. Pendant ce temps, en mission, Hélène affronte un mystérieux
ennemi surnommé l'Hypnotiseur - qui détourne les écrans pour projeter
des images hypnotiques afin de laver l'esprit et contrôler les civils -
et réalise un premier exploit en sauvant un Maglev en péril.
Après avoir sauvé une ambassadrice de ses griffes, Hélène
parvient à capturer l'Hypnotiseur, mais ce dernier prétend ne pas se
souvenir de ce qu'il a fait et révèle n'être qu'un livreur de pizza.
Alors que le magnat et ses collaborateurs célèbrent la défaite de
l'Hypnotiseur au sein du quartier général de DEVTECH, Hélène poursuit
son enquête et se rend compte que l'homme était en fait contrôlé par des
hypno-écrans présents dans ses lunettes. Quand elle révèle ses
découvertes à la sœur de Winston, Evelyn Deavor, cette dernière lui pose
les lunettes hypnotisantes par surprise. Evelyn se révèle être
l'Hypnotiseur, considérant les supers comme une menace à l'indépendance
de l'humanité et cherchant à déjouer la mission de reconquête du public
menée par son frère. Agissant dans l'ombre, elle projette de laver le
cerveau des dirigeants du monde pour qu'ils ne puissent pas légaliser à
nouveau le travail des super-héros en tant que tels, ainsi que de laver
celui des Super-héros afin qu'ils commettent des crimes pour se priver
définitivement de toute chance de redevenir légaux un jour. Evelyn
parvient alors à attirer Bob dans un piège, tandis que Lucius est
débordé puis vaincu par d'autres Supers hypnotisés alors qu'il tentait
de fuir avec les enfants Parr.
Évitant le même sort que leurs parents, Lucius et les autres
super-héros, Flèche, Violette et Jack-Jack (qu'Edna avait équipé d'une
super combinaison adaptée à ses pouvoirs), se faufilent à bord du yacht
des Deavors pour sauver leurs parents, alors que les leaders mondiaux se
réunissent pour signer une déclaration de légalisation du
super-héroïsme. A bord, Hélène, Lucius et Bob, toujours sous emprise
hypnotique, récitent un manifeste vindicatif à l'antenne proclamant les
supers comme une menace publique, avant qu'ils ne soient libérés du
contrôle d'Evelyn par les enfants. Une bataille sur le bateau s'ensuit,
menaçant d'écraser le navire sur le quartier de New Urbem. Cependant, le
groupe de super-héros, libérés de leur emprise psychique, parviennent à
l'arrêter, tandis qu'Hélène appréhende Evelyn lorsqu'elle tente de
s'enfuir. Après l'incident, les super-héros peuvent à nouveau exercer
légalement, tandis qu'Evelyn est arrêtée.
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