Comme dans l'Odyssée d'Abe, le but de sauver est de traverser tous les niveaux du jeu, tout en sauvant les Mudokons rencontrés. Il existe cette fois 300 Mudokons à sauver. Le système de portails à oiseaux utilisé dans l'Odyssée d'Abe reste le même dans l'Exode d'Abe.
Pour débloquer la cinématique de fin heureuse, il faut en secourir au moins la moitié (soit 150). Un bonus est promis si l'intégralité de la population Mudokon est sauvé3. Le manuel évoque également un bonus débloqué cette fois-ci en tuant le maximum de Mudokons possibles (276 tués pour 8 Mudokons à sauver obligatoirement, les 16 Mudokons restants constituant des prisonniers qui ne peuvent pas être tués et qui doivent donc être abandonnés dans l'optique d'éliminer le maximum de Mudokons).