Mutant Chronicles utspelar sig 400 år in i framtiden. Mänskligheten har till sist tömt jordens naturtillgångar och världen slits sönder av ständiga krig mellan fyra globala organisationer: Bauhaus, Mishima, Capitol och Imperial. Under ett blodigt fältslag briserar en granat på fel plats – ett sigill är brutet och en uråldrig ondska vaknar till liv. Mänskligheten tvingas enas mot en ny gemensam fiende: mutanterna – odöda varelser med övermänskliga krafter, som förintar allt i sin väg.